В настоящее время в университете функционируют 6 факультетов:
- Филологический факультет — два направления подготовки:
1. Русский язык и литература,
2. Современные западноевропейские языки и литературы (романо-германская филология: английский язык и литература; испанский язык и литература; итальянский язык и литература; французский язык и литература); - Факультет прикладной математики;
- Химический факультет;
- Факультет психологии;
- Экономический факультет, состоящий из двух отделений:
1. Экономика;
2. Менеджмент. - Физический факультет.
Выпускникам отделения русской филологии присваивается квалификация «Филолог. Преподаватель русского языка и литературы», выпускникам отделения романо-германской филологии – квалификация «Филолог. Преподаватель английского (французского, итальянского, испанского) языка и зарубежной литературы».
Выпускникам факультета прикладной математики предлагается выбор таких специальностей, как математическое и программное обеспечение, защита информации, программирование и математическая экономика.
Выпускникам химического факультета предлагается выбор таких специальностей, как нефтехимия, органический катализ, органическая и физическая химия.
Выпускникам факультета психологии, который впервые в Азербайджане был открыт в Бакинском филиале в 2009 году, присваивается квалификация «Психолог».
Экономический факультет Филиала был открыт в сентябре 2012 года по двум направлениям: экономика и менеджмент. По направлению «Экономика» готовятся специалисты, востребованные научно-исследовательскими институтами, инвестиционными, проектными, консалтинговыми и аналитическими компаниями. По направлению «Менеджмент» факультет готовит специалистов по бухучету и аудиту. Обе специальности хорошо востребованы.
В 2016 году двери для первого набора открыла магистратура экономического факультета в Филиале. Магистерская программа "Международный бизнес" направлена на подготовку высококвалифицированных специалистов, способных осуществлять управленческую деятельность в транснациональных компаниях, ведущих бизнес на международных рынках в условиях различных национальных правовых и налоговых систем, корпоративных культур и бизнес-традиций и участвующих в международной конкуренции за источники ресурсов, поставки, рабочую силу, потребителей, технологии и информацию на глобальном уровне и умеющих принимать управленческие решения различной сложности в условиях усиливающейся глобализации мировой экономики и растущей неопределенности, обусловленной ростом скорости политических, технологических, экономических и социо-культурных изменений глобальной бизнес-среды.
Физический факультет функционировать в 2016 году, когда было открыто направление «Бакалавр физики». В 2020 году была открыта магистратура по двум магистерским программам: «Физика наночастиц» и «Физика биологических систем».